ナビゲーションをヘッダーに配置するのは、
ホームページでは基本的なデザインと言えます。

いつでも好きなページへジャンプできるよう、
メインナビゲーションをヘッダーにおくことで
統一したデザインにもなりますし、
ユーザーにとっても使いやすいサイトだと言えるでしょう。

他にも、左サイドにナビゲーションを配置するのも定番です。

ヘッダーには大まかなカテゴリ分けのナビゲーション、
左サイドには詳細なインデックスを表示する方法も良く見られます。